如您所说像您这种情况建议您做产权判决后再坐产权过户，否则以您所说的情况只要第三个儿子不同意是不能把产权给其侄子的。

先说你们分开的问题：如果没有有力的证据证明当年你曾经支付过首付款，那么这套房子就是属于女方的，即使你能证明，你们的关系也属于民间借贷，房子依然是对方的； 再说房产证写谁的名字的问题：既然由女方的公积金就必须也只能用女方的名字。