你好，一般情况下，军产房的房产证很难办理，即只有居住权，而没有使用权，所以建议您最好等两证齐全后才购买，否则容易引起交易纠纷。
就现状而言，不管是军产还是社会房屋，所有权属于均以产权登记为准，与房屋内的户口及谁是户主没有太大关系。关键要确认，这套军产房屋在部队分房时是谁享有分房福利，是你父亲，还是你们这个家庭（包括你叔叔）。如果是你父亲享受福利而分得的房子，又登记在他名下，则该房屋属于你父亲所有，他去世后由你和你母亲继承，你叔叔不是第一顺序继承人无权继承。如果是你们包括你叔叔在内的家庭共同享受分房福利，则该房屋属于你们所有家庭成员共同，你父亲只是作为家庭代表被登记在产权证上，你叔叔有部分产权。但无论如何，并不因为你叔叔是户口本上的户主房子就是他一个人的，独占房子更是没有根据。