补缴据《税收征收管理法》和《个人所得税法》的相关规定，虚增人员名额、分摊计税金额属编造虚假计税依据行为，税务机关在限期责令改正的同时，并处5万元以下罚款。据此，税务机关对该公司少扣缴税款及编造虚假计税依据的行为，责令该公司补缴三年少扣税款13599.23元，并处罚款、滞纳金计12799.62元。