海域使用证书和土地使用证书不是一回事，土地使用证书是土地部门颁发的土地确权证书，而海域使用证书是根据《中华人民共和国海域使用管理法》规定，由海洋主管部门对用海单位和个人依法颁发的海域使用权证书。