1、房屋的类型不同住房公积金贷款只能用于购买70年产权的住宅时使用，除此之外的商等类型的房屋是不能申请公积金贷款的;商业贷款面对的房屋类型较为宽松，除了住宅之外，两用房也可以申请。2、贷款额度和利率不同住房公积金贷款的利率按照规定是实行一年一定，在贷款期间如遇到利率调整，如果贷款期限只有一年，则这个利率就不做调整。如果贷款的期间是在一年以上，则从下一年的一月一日执行新的利率，额度则根据当地情况为标准。商业贷款的利率则根据当地银行而定，一般无上限，具体则根据家庭总收入而定。虽然公积金贷款利率一年一定，但利率还是比商业贷款低很多。3、贷款年限不同公积金贷款要求总贷款年限不超过三十年(各地略不同)，而商业贷款期限则比较灵活，可供还款的期限也更长。4、审批时间和机构不同商业贷款大约20个工作日，公积金贷款大约需要40个工作日，商业贷款快于公积金贷款。商业房贷主要通过银行审批，决定权在银行;公积金房贷则需要通过公积金管理核心审批，决定权在公积金管理核心，银行只是执行机构。5、要求不同商业贷款的要求是个人信用良好，没有不良征信记录，具备还款能力。公积金贷款要求比较严格，除了要求个人的信用良好，还有要求自贷款之日起的6个月(各地略不同)内个人的公积金账户须是连续正常且足额缴纳的。6、贷款来源不同商业贷款来源于银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款来源于职工个人及所在单位缴存的住房公积金。7、流程不同公积金贷款和商业贷款都在购房时提出申请，只是公积金贷款需要经过公积金管理中心初审和复审来核定额度和是否符合贷款条件。而商业贷款就只经过贷款银行审核。公积金贷款买房的手续会比商业贷款买房更麻烦，这也是很多商品房不接受公积金贷款买房的原因
二套房商业贷款利率的“认房又认贷”政策：首付50%、贷款利率不得低于基准利率的1.1倍（基准利率为：五年以上公积金贷款年利率3.25%，五年及以下公积金贷款利率为年利率2.75%，） 二套房“认房又认贷”细则进入正式实操阶段。对于借款人购房时查出名下现有全款购买的房屋，在未出售的情况下，再贷款购房仍会被认定为第二套房;对于借款人之前曾贷款购房，即使是贷款购置的房产已结清出售，再贷款时还是会被认定为第二套房。根据二套房政策，如果是被认定为第二套房的购房者，那么再贷款时一律按照首付50%、利率上浮1.1倍来执行。二套房贷款的从严，对于投机投资型人群给予有利打压。